该站地处北京市海淀区清华西路，北邻圆明园遗址公园，位于圆明园遗址公园南门西南侧，正觉寺门前，南邻北京大学，车站沿清华西路呈大致东西向布置。

圆明园站的站台位于地下二层，属于岛式站台，设有全高安全门。列车的左侧车门将会打开。卫生间在站台的最西段。

圆明园站站内立体图

圆明园站有互通式整体站厅，处于地下一层的位置。车站的三个出口位于站台两端。站内总共6台具备一卡通充值功能的自动售票机，2台北京市政交通一卡通查询器，另有人工售票服务，客务中心位于站厅正中间。站厅设定了两台中国工商银行ATM和两台中国邮政储蓄银行ATM。站内没有自动售货机。

圆明园站是4号线的重点站，装修风格体现紧邻的圆明园遗址公园地区特色，站厅北侧墙壁上装饰圆明园内大水法遗蹟的石材浮雕作为文化墙，浮雕上标注有圆明园历史上建园、烧园、毁园三个纪年以及圆明园四十景内容介绍。站台立柱上装饰残缺状墙砖。

圆明园站文化墙

该站共有3个出站口：A西北口、B东北口、C东南口。

开往安河桥北：5:52-23:52

开往天宫院：5:06-22:26（全程）-22:51（终点站公益西桥）

圆明园南门站：

331路（新街口豁口-香山）、432路（天通北苑-西苑枢纽站）、438路（西直门-永丰站）、498路（中央党校北门-新街口豁口）、508路（颐和园-捷运新街口站）、579路（颐和园-杏坛路南口）、594路（颐和园北宫门-望京桥西）、601路（颐和园北宫门-和平东桥）、664路（捷运苹果园站-捷运西二旗站）、394路（北京西站-韩家川南站）、、特19路（北京西站-西苑枢纽站）、运通124线（金庄-厢白旗桥）

远期规划的北京捷运15号线二期自北沙滩站起，经过清华东路西口站和圆明园站，到达西苑交通枢纽，届时圆明园站亦将成为4号线与15号线的换乘站。然而该规划会使捷运下穿清华大学，影响校内实验室精密设备，而遭到清华大学的反对。2011年，北京市批覆了北沙滩站至清华东路西口站的施工方案，然而包括圆明园站在内的清华东路西口站以西的捷运走向尚无定论。