海王星表面主要也是气体组成，也有类似木星表面的大红斑风暴云，我们称之为大黑斑，这个大风暴约是木星大红斑的一半，但也容得下整个地球。1989年旅行者2号宇宙飞船飞越海王星时发现，当时的深度约5000千米，跨度达10000千米，位于南纬22°，範围约13000×6600公里。海王星大气层内的云有显着的特微，其中最明显的是大黑斑，如地球般宽，还有小黑斑与速克达。大、小黑斑都是巨大的风暴，以每小时2000公里的速度吹遍整个行星。

大黑斑

这个斑点的大小与地球近似，并且非常像木星上的大红斑。起初认为它是与大红斑一样的风暴，但更接近的观察显示它是黑暗的，并且是向海王星内部凹陷的椭圆形。围绕在大黑斑周围的风速经测量高达每时2,400公里（1,500英里），是太阳系中最快的风。大黑斑被认为是海王星被甲烷覆盖时产生的一个洞孔，类似于地球上的臭氧洞。在海王星的许多照片上，大黑斑看起来有着不同的大小和形状。

大黑斑

大黑斑引起的白色云彩与在地球的高空中发现的捲云有着相似的高度。但与由冰晶构成的捲云不同的是，海王星上的捲云是由冰冻的甲烷结晶构成的。并且，捲云通常在形成几个小时之后就会融化，但是大黑斑经历了36个小时，或说是环绕了行星2圈之后依然存在着。

当1994年哈勃太空望远镜再度拍摄海王星的斑点时，大黑斑已经完全消失不见了，使得天文学家不得不认为它是不是被遮盖了就是消失了。然而，另一个几乎相同的斑点涌现在海王星的北半球，这个新的斑点被称为北大黑斑（NGDS），被持续观测了数年之久。

在“卡西尼”2003年拍摄到的彩色图中，木星只是中央的小黑点。在太阳系中，木星磁层可算得上最大，甚至比太阳本身还要大。木星的磁场容纳了大量带电粒子，这些带电粒子多来自火山爆发。木星的大卫星木卫一上面就有很多活火山。火山喷发的热气体中有很多电离子的硫和氧，它们充斥了木星的磁层。当木星本身和它的磁场以11小时的周期自转的时候，就会使这些带电粒子向极区加速。因此木星上的极光总是活跃的。威斯特认为，撞击木星大气的高能带电粒子不仅会激发极光，还会击碎大气中的甲烷。木星上的甲烷比地球上要多得多。碎裂了的甲烷会与大气中的氢结合而形成乙炔。乙炔又会与大气中的碳氢化合物分子结合，产生更複杂的分子。最后，这些分子会浓聚成黑色的小滴。大黑斑也就是由这些漂浮在同温层顶上的、富含碳和氢的黑色小滴形成的薄雾。这样一层薄雾在紫外线照片中会变得明显，因为碳和氢的黑色小滴会强烈地吸收紫外线辐射。然而在可见光段。用我们的肉眼却看不到大黑斑。

大黑斑

海王星上的大黑斑依旧可以告诉我们更多关于我们地球上的东西。黑斑是由极区旋涡——绕海王星北极旋转的喷流——俘获的。旋涡中快速运动的风就像一堵坚实的气体墙，挡住了黑斑，使它保持在高纬度。在我们地球的极区事实上也环绕着类似的旋涡。地球的北极涡流多多少少被北极地区崎岖不平的陆地搞乱了。但是在南极的涡流就发展得比较好。它在限制南极的臭氧空洞方面看来起到了关键作用，这就像海王星上北极涡流限制了大黑斑一样。