变种人克拉丽丝正在城中上下逃窜，躲避警方的追捕。自从变种人内战事件后，变种人便被普通人类看作是威胁，无论本身是好是坏，都一概要被关押起来。克拉丽丝因为自己变种人身份而入狱，心有不甘的她，利用自己空间转移的能力逃了狱。躲避追捕的变种人不只有她，还有洛娜和马可斯。在逃离时，变种人组织搜寻到克拉丽丝的蹤迹，把她救到了墨西哥的变种人基地里。然而，洛娜却因为恋战而被人抓了。负责变种人案件的检察官里德·斯特拉克家里也发生了极不寻常的事。他家的小儿子安德鲁因为在学校被人欺凌，于是和妻子凯特琳来到学校，想要为儿子争取公道。当他在校长室，威胁校长儘快联繫作出欺凌行为的学生家长时，一通电话把他叫回了工作岗位。洛娜站在他眼前的透明囚室内，不屑地看着他。里德看惯了变种人的伎俩，他崇尚以暴制暴的方式。他的以暴制暴不是指身体上的暴力，而是从心灵上，直接摧毁对方的意志，比如这次他拿出了一份医学检测，发现洛娜怀孕了，以此来击溃洛娜的意志。然而，对变种人深痛恶绝的里德，上天给他开了个玩笑。他的儿子安德鲁和女儿劳伦都是变种人。安德鲁被同学欺凌后，想跟姐姐一起到舞会好好疯一把，想发泄发泄。没想到冤家路窄，在舞会上，安德鲁再次遇见了欺凌自己的坏同学。恶霸同学因为欺凌安德鲁的事，被父母知道了，自然不会好过。现在看见安德鲁，他们绝不就此放过他，把他拉到储物间里想为早上的事进行复仇。害怕不已的安德鲁，精神近乎崩溃了，失去理智的他，唤醒了体内的潜能。突然，周围的墙壁、金属都随着安德鲁的尖叫而变形崩塌。舞会现场变得一片狼藉。劳伦看见安德鲁被人拖进了储物室，立即施展特殊能力放出屏障，想冲进储物室救出弟弟。在见到弟弟后，劳伦才发现弟弟不仅毫髮无损，他还是造成事故的始作俑者。安德鲁和劳伦的变种人身份曝光后，立即引来特勤局的追捕。里德和凯特琳为了一双儿女，不得不摒弃之前对变种人的观念，带着安德鲁和劳伦去求助马可斯。马可斯表示可以帮助里德，但作为交换，他必须帮洛娜逃走。两人达成了共识，并展开行动。特勤局的队伍一刻也不让他们鬆懈，很快便锁定了马可斯和劳伦等人，并派出特殊的武器去抓捕他们。在千钧一髮之际，克拉丽丝利用空间移动的方式转移了大家，里德却晚了一步，进不去新的空间。

　　一年前，斯特拉克一家正在保龄球馆享受着天伦之乐。彼时，劳伦已经发现了自己的变种人天赋，不时地悄悄使用，在游戏玩乐中作弊。离劳伦他们不远处，有一位变种人少女，因为能力失控，弄得自己的身体不断颤抖，遭到了一些顽皮小孩的嘲笑。越被嘲笑，情绪便越难控制，最终变种少女不小心释放了能力，在球馆造成了损坏。当时，专门处理变种人案件的里德不顾是非对错，直接就把变种少女“请”出了保龄球馆。风水轮流转，当日不管是非黑白，唯变种人是错的里德，今日竟然因为自己的变种人儿女，而被同事们抓了起来。另一边厢，由于克拉丽丝过度使用能力，现在神志不清。曾经是护士的凯特琳查看了她的情况，认为她的状态十分糟糕，必须立即送医。但变种人并没有医疗福利，尤其他们现在的逃犯身份，去医院根本是不可能的事。凯特琳虽然会一些急救知识，但巧妇难为无米之炊，没有药物和设备，她什幺都做不了。克拉丽丝是为了救他们而受伤的，马可斯不能看着她死，于是让凯特琳跟自己一起去诊所里，把药物偷出来。马可斯把凯特琳带到一所偏僻的医疗机构，此处可以向变种人提供医疗服务。马可斯假装急病，直接跳过了资料登记的环节，来到了诊疗室。而凯特琳则假装是他的女朋友，一起混进诊所，再伪装成护士，在里面偷取药物和工具。特勤局的速度比他们想像中还快，不一会儿，追兵便找到诊所这儿来，两人只好立即逃回基地。这时，失去神智的克拉丽丝开始能力失控，一些空间的缺口开始在她身边出现，而连线的地方正是之前出事的街区。街区此时正被警方封锁起来，一批批的警员正在现场调查，空间缺口的出现简直就是送羊入虎口。劳伦利用自己操控空气的能力勉强把缺口关闭起来，但克拉丽丝的能力释放太多，劳伦招架不住，终究是被特种部队闯了进来。基地混入了一场激战，变种人组织暴露了，大伙儿在迎击的同时，必须开始做撤离计画。洛娜被关进一个变种人和普通人的监牢之中。每一个监牢都会出现一些团伙和头目，变种人被戴上禁止能力的跳蚤项圈后，大部分都不是普通人恶霸的对手。洛娜使用不了能力，一开始在监牢中被欺负得很惨。在放风时，狱犯的女头目想命令洛娜帮她干活，洛娜不畏强权所迫，施展浑身解数使出了能力，把头目教训了一下。然而她这个举动，却遭到单独禁闭的惩罚。克拉丽丝经过凯特琳的治疗，脱离了生命危险。而凯特琳和变种人们经历了一系列的事件后，开始对这些特殊的人种改观，她决定为了儿女，参与到这场抗争中来。里德被关起来后，特请局的人不断向他施压，甚至把他的老母亲带回来审问。在这行经验老道的里德决定振作起来，他知道特勤局的负责人走投无路，才这幺对自己，他可以把知道的一切都说出来，作为交换条件，他必须走正常的法律流程。对方也不甘示弱，他可以答应里德，但他的目标，是摧毁变种人组织。

　　洛娜孤身一人被关押在监狱的独立房间中，回忆着三年前刚刚和马可斯恋爱时的片段，以此来获得心灵的慰藉。哨兵特勤处的杰西·特纳刚刚和里德谈好了条件，随后便来打扰洛娜难得的好心情，想最后给她一个合作的机会。然而，杰西的条件不仅不吸引，甚至让洛娜觉得有点侮辱。杰西告诉洛娜，如果合作的话，就送她去另一个监狱，但总比送去更糟糕的地方要好。洛娜深信着同伴们一定会来营救自己，对于出卖同伴的想法，她毫无意向。变种人地下组织正在策划着名营救洛娜的行动。洛娜是因为救克拉丽丝而被抓的，因此克拉丽丝十分想帮忙，但她现在还不能完全控制自己的能力。平时能力发挥到最大时，是因为自己熟悉的场景、人物，又或者是遇到让自己恐惧的事而作出的应激反应。约翰想通过引导，让克拉丽丝靠自己去操控能力，但时间有限，其他小伙伴感到十分焦急。凯特琳在一旁观察着变种人们商量事情的手段，认为这样太暴力了。一向奉公守法的她认为美国是个法治社会，应该求助律师、有能力的政客让他们帮忙。她的提议刚说出来，便遭到了所有人的反对，包括儿子安迪。儘管很多人都认为她太过于天真，但凯特琳依旧一意孤行，她决定联繫自己的弟弟丹尼，他在上流社会有不少人脉，希望能帮助自己。安迪和劳拉知道后，便陪母亲走这一趟。凯特琳已经很久没见丹尼了，大家没有花费太多时间寒暄，便直入主题。丹尼一早便对凯特琳的情况了解一二，他很快便表了态，不想趟进这摊浑水，这会影响他的仕途。此时，安迪和表亲被丹尼和凯特琳叫到房间里自己玩游戏了，三个孩子打打闹闹，劳拉突然在社交媒体上翻到了恶霸同学在安迪家门口写了侮辱性涂鸦的照片。安迪立即按捺不住自己的情绪，能力随即爆发，不小心在表亲的房间里造成了破坏。正当凯特琳意兴阑珊，想再劝劝丹尼时，附近街区的一些居民便围到了丹尼的家门前，要他把变种人交出来。原来安迪的表亲把安迪释放能力后差点弄坏的雕像拍照发了上网，这事便让附近的人知道了，凯特琳三人的行蹤被发现了。安迪、劳拉只想逃命，但居民们却想把他们往死里打。地下组织的人知道这事后，约翰便立即去救凯特琳他们。然而对方十分兇残，变种人都不想闹出人命，他们都希望克拉丽丝能使用自己的能力，帮他们空间转移。约翰的女朋友为了儘快让克拉丽丝控制自己的能力，她把自己和约翰的记忆植入到克拉丽丝的脑海中。克拉丽丝一想到“男朋友约翰”正陷入危险，立即自如地使用能力，把大伙儿都移到另一个空间，逃过了居民们的追杀。里德答应杰西的条件后，便假装自己逃走了，来到马可斯之前带他进行接头的酒吧，先从酒保下手。此时，杰西把追蹤器放在里德身上，一直监视着他的行动。里德顺利地混入了酒吧，这时，他遇到了一对变种人母女。这对母女的善良和纯真，让他再一次对变种人改观了。他突然觉得，可怕的并不是变种人，而是普通的人类。他不想害变种人，于是故意从酒保前往地下组织的车子上跳下来，阻挠杰西的追蹤。

　　洛娜因为在狱中过于特立独行，且老是动坏脑筋想逃跑，不断被哨兵特勤处转移监房。这次的监房转移让她遇到了一位老熟人——害她被抓的里德。里德想跟洛娜好好谈一谈，因为这时的他已经不像以前那样讨厌变种人，但洛娜完全不买他的帐，反而听见他说连累了马可斯后，对他更加厌恶了。另一边厢，变种人地下组织正激烈地讨论该不该冒险救洛娜。有部分变种人认为这个行动太危险了，很可能不仅救不出洛娜，还把自己的命也搭进去。马可斯受不了自私的大家，于是把话摊开来说，告诉在座的人都欠洛娜一份人情，大家都或多或少接受过洛娜的帮助。约翰和他的女朋友索尼娅自然义不容辞地帮忙，而凯特琳知道里德和洛娜现在同坐一条船，于是也同意这次的营救计画。大部分变种人达成共识后，便开始商量营救的方式。虽然他们可以藉助克拉丽丝空间瞬移的能力，但现在特勤局盯得十分严，要找到囚车把洛娜和里德移走，就必须知道他们的行进路线。为了得知準确的讯息，马可斯不得不找回以前的损友——一个洗黑钱兼贩毒集团。马可斯回到一个骯髒混乱的夜场，想向老熟人求助。此时犯罪集团原来的老大已经退位，目前的负责人士马可斯的前女友卡门，以前老大的女儿。原本卡门对马可斯当年抛弃自己还有点怀恨在心，但想到马可斯的能力，便答应了这个交易。获知囚车的出现地点后，大伙儿还面临一个难题，就是要如何把囚车停下来，好让他们得手。劳拉知道后，立即告诉弟弟安迪，让他施展能力担起这个重任。里德在狱中，向洛娜坦白了一切，并为之前自己的所作所为作出惭愧。虽然里德之前犯下的过错无法挽回，但洛娜也明白里德之前也只是职责所在，于是默默地接受了与他结盟的事。与此同时，克拉丽丝脑海里不断浮现和约翰之间的回忆，她不知道这其实都是索尼娅的回忆，只是为了让她因为在意约翰而更好地施展能力。

　　变种人组织里应外合，成功地劫了囚车，把洛娜和里德救回变种人基地。然而特勤局并不是省油的灯，他们有先进的器材，还有一个替他们效命、叛变的变种人“脉冲”。里德到了变种人基地后，受到了大家的热烈“欢迎”。联络处的酒保一看见他便给了一拳，为之前里德在身上放追蹤器，引来特勤局追蹤的事报了仇。大伙儿现在毫不信任里德，里德也表示理解，这个心结必须由他自己去解开才行。因为里德之前的行为，让他在基地的去留问题产生了争议。如果大部分人都不同意他留下的话，就要由索尼娅用超能力去改变里德的记忆，让他忘记变种人基地的事。克拉丽丝此时和索尼娅在一起工作，她听见索尼娅的能力后，便想通了一件事。之前索尼娅为了让克拉丽丝奋不顾身地救约翰，在她脑海中植入了自己的记忆，让克拉丽丝以为自己和约翰是恋人。但克拉丽丝脑海深处却隐隐觉得不妥，在得知索尼娅的能力后，她认为自己的记忆可能被做了手脚。变种人组织通过监听特勤局的通讯设备，得知他们正在部署搜寻变种人基地，立即变得警觉起来。洛娜和马可斯此时正在外开着车替组织探风，一路上有说有笑，谈着属于两人的孩子，还有未来。前方不远处出现的特纳和一批特勤局特工打断了这场愉快的谈话，原本马克斯想绕路逃走，但洛娜却不依，她用超能力控制车子，正面驶向特纳面前，把其他特工都控制住后，便抓走了特纳。变种人组织现在又多了一条罪名——绑架特勤局探员。洛娜有此妄举，一来是为之前的事复仇，二来是想通过他去查探“脉冲”叛变的真相。如果特勤局做了什幺手脚让变种人产生内讧，那后果将不堪构想。特纳被洛娜控制着，不得不面对洛娜的审问。在此期间，特纳把自己讨厌变种人的原因说了出来。原来在四年前的变种人大战中，他七岁的女儿格蕾丝在毁灭性的意外中无辜丧生，自此之后他便视所有变种人为仇敌。马可斯不禁同情特纳，但洛娜却道出了真相——在那次战争中，变种人的伤亡更为之惨重，他们其实不相伯仲。哈利在营救洛娜的行动中受了枪伤，凯特琳利用自己的护理知识，在加上儿女的配合，帮哈利做了手术，把他从鬼门关救了回来，获得了变种人们的信任。而里德为了补偿之前对变种人们犯下的过错，主动提出自己成为诱饵，走到街上把特勤局的人引到错误的方向。行动尚算成功，里德把特勤局的人引到错误的地点后，其他同伴便把特纳带到那里，外加索尼娅的能力把特纳的记忆改动了，这样便成功地把基地的位置隐藏起来。克拉丽丝对索尼娅的能力耿耿于怀，在行动后终于忍不住问她，到底自己和约翰的感情是不是真的。纸包不住火，索尼娅知道再瞒下去对大家都不好，只好把自己的苦衷告诉克拉丽丝。克拉丽丝知道后十分生气，认为索尼娅无视自己的感受，只会利用自己。特纳的记忆被改回了四年前，格蕾丝还在的日子。但他回到家后，想找自己的女儿，却被妻子告知了女儿已死的真相。听见真相后的特纳，对变种人的恨比以往更深了。