1983年2月，江苏省人民政府批准建立江苏省盐城地区省级沿海滩涂珍禽自然保护区。

1984年10月，成立正处级建制科研事业单位的保护区管理处。

1992年10月，经国务院批准晋升为国家级自然保护区，更名为“江苏盐城国家级珍禽自然保护区”。

1992年11月，被联合国教科文组织人与生物圈委员会协调理事会批准为生物圈保护区，并纳入“世界生物圈保护区网路”。

1996年4月，成为“东北亚鹤类保护网路”成员。

1999年11月，成为“东亚——澳大利亚涉禽迁徙网路”成员。

2002年1月，被列入“拉姆萨尔国际重要湿地”名录。

2007年2月，经国务院批准，保护区範围有所调整，并更名为江苏盐城湿地珍禽国家级自然那保护区。

保护区位于江苏省盐城市境内，地理坐标为：东经119°53′45″～121°18′12″，北纬32°48′47″～34°29′28″之间。

盐城保护区内滩涂主要是黄河夺淮期间大量倾注入海的泥沙、长江等河流下泻的泥沙，以及海底的部分泥沙，在潮流等海洋动力作用下淤积而成的广阔的粉沙淤泥质滨海平原。滩涂北窄南宽呈带状分布，宽处可达15km。保护区内水源主要为陆地水和海洋水，陆地水pH值大于7.0，矿化度较高，海洋水主要受潮汐与风暴作用，经常漫满全区堤外滩涂。保护区为里下河主要集水区，有灌河、中山河、扁担港、射阳河、黄沙港、新洋港、斗龙港、王港、竹港、川东港、梁垛河、新港等10余条河流横穿区内入海，入海水量约占全省入海水量的90%。江苏盐城保护区可以控制洪水、防护堤岸、滞留沉积物。历史上古黄河和长江都曾在保护区南北两端入海，长江和黄河携带大量泥沙沉积形成废黄河三角洲。保护区内滩涂大部分呈淤长型，全区每年淤积成陆大约900平方米。

保护区处于暖温带与北亚热带过渡地带，主要受海洋性和大陆性气候影响，年平均气温为13.7～14.6℃，年极端最低气温为-10℃（1月），年极端最高气温为39.0℃（8月）。光照充足，无霜期210 ～ 224天，雨水丰沛，年平均降水量1000mm左右。

保护区主要保护丹顶鹤等珍稀野生动物及其赖以生存的滩涂湿地生态系统。

截至2012年，保护区有植物450种，鸟类有402种，两栖爬行类26种，鱼类284种，哺乳类31种。其中国家重点保护的一级野生动物有丹顶鹤、白头鹤、白鹤、东方白鹳、黑鹳、中华秋沙鸭、遗鸥、大鸨、白肩雕、金雕、白尾海雕、麋鹿、中华鲟、白鲟共14种，二级国家重点保护野生动物有85种，如獐、黑脸琵鹭、大天鹅、小青脚鹬、鸳鸯、灰鹤等。

中国丹顶鹤博物馆位于江苏盐城，以世界珍禽丹顶鹤而建立的专题博物馆，本博物馆同时具备科学研究、科普宣传、生态旅游、文化教育、物种保护等多种功能。

丹顶鹤人工繁育中心是鹤场的中心和重点。这里展示的是人工驯化的丹顶鹤，是保护区长期科学研究的一个项目——在越冬地进行丹顶鹤的繁殖驯养工作。

鹤乐园又称盐城市珍禽驯养场，隶属于江苏盐城湿地珍禽国家级自然保护区，始建于1986年，烈士徐秀娟为鹤场首任场长。鹤场集中科研、动物繁育、生态旅游、环境教育于一体，包括科研楼、望鹤亭、丹顶鹤救护中心、水禽湖、丹顶鹤驯养中心、湿地宣传教育中心、游客服务中心等景点。因请费孝通题有“鹤乐园”三字，对外又称鹤乐园。

望鹤亭建立于1989年，亭共有三层，高18米，六角飞檐。由于滩涂地势平坦，这里为制高点。

人工淡水湖，主要是仿保护区内部生态环境为野生水鸟营造的，可以让游客近距离欣赏鸟类的一个湖泊。这里，湖边有柳、湖里有鱼、湖中有鸟。

盐城市内公交路线：乘坐旅游专线车，周一至周五每日2班于早上8：00和下午1：30齣发，周六至周日每日3班于早上7：30、8：30和下午1：30班出发，旅游专线车始发站为盐城城市规划展示馆，中途停靠盐阜人们商场（中茵海华广场）、中国银行（老体育馆）、交通银行（中国海关）、新四军纪念馆、盐城工学院东校区公交站台，直达盐城珍禽自然保护区鹤乐园。

每年冬季为期三个月的观鸟活动实行预约制，为减少对湿地生态系统的破坏，景区开放的观鸟线路限制每天15人，必须提前3天预约，预约者预约人数已满的日期或遭遇恶劣天气，需按预约顺序依次顺延。报名缴费时需提供身份证号、家庭住址及手机号码。

保护区先后承担国家和省级科研课题45项。特别是人工繁殖丹顶鹤的研究取得了重要进展，这些研究吸引了30多个国家和地区的专家学者参与。

盐城保护区已成为重要的物种贮存库。盐城沿海地区属于生态脆弱区，但通过多年来的努力保护，盐城保护区已成为沿海生物富集地区，有效保护了2600多种生物资源，占中国海岸带生物物种总数的1/10。