这班空客A320-232R客机（注册编号：SU-GCC）原定于2016年05月18日20时45分在巴黎夏尔·戴高乐机场起飞，并于第二日03时05分到达开罗国际机场。实际在当晚09时11分离港，并于次日02时45分从雷达上消失，飞机最后一次与控制塔联络仅在十分钟之前。但飞机并未按照规定在进入埃及领空时向控制塔汇报。该飞机回传的最后一次ADS-B数据如下： 高度：11277.6米，速度：976.004千米/小时，航迹角：119度，经纬度：28.297447967517，33.959762573242，当地时间：2016/05/19 上午08:27:06，更新时间：2016/05/19 上午08:28:42。

希腊国防部部长称，根据希腊军方的雷达数据，804号班机在进入埃及飞行情报区后不久就转弯了。在高度37000英尺处，飞机先是向左转90度，紧接着又右转360度。在此期间，飞机高度从37000英尺迅速下降至15000英尺。当飞机高度降至10000英尺后，飞机就从雷达上消失了。

飞机製造商空中客车公司，在其Facebook页面上发表声明：“空中客车公司遗憾地证实，由埃及航空公司运营的A320飞机于02:30左右（埃及当地时间）在地中海失去联繫。”

埃及民航局发言人Ihab Raslan称，失联埃航客机很可能已经坠海。埃及民航部长法特希19日下午在开罗国际机场旁的埃及民航大楼就埃航MS804航班客机失蹤事件召开新闻发布会。在回答新华社记者提问时，法特希说，客机失蹤原因目前尚在调查中。他强调：“虽然客机坠毁的可能性很大，但在残骸找到以前，称客机‘失蹤’更为準确”。

埃及军方20日上午宣布，在埃及地中海港口城市亚历山大以北290公里的海域发现飞机残骸。21日有讯息人士透露，在地中海搜寻和蒐集坠毁埃航(EgyptАir)客机残骸的埃及军方已经初步确定A320飞行记录器（黑匣子）坠落地区。

据埃及航空官方twitter显示，机上的人数为旅客56人，其中包括2名婴儿和1名幼童，10名机组人员，其中包括3名安全人员，机组与乘务组7人，总计66人。飞机机长飞行时间长达6275小时，其中飞行A320时长为2101小时。副驾驶也有2766小时的飞行时长。

5月19日，埃及官方发布讯息称，距离飞机消失位置以南80公里处，喀帕苏斯岛附近，发现疑似失事飞机的残骸。但埃及调查组随后确认表明，该碎片并非来自804航班。埃及航空随后收回飞机残骸被找到的声明。

与此同时，希腊国防部对一名声称在喀帕苏斯岛以南240处看到“有一团火焰从空中坠落”的船长开展调查工作。埃及民航部长称，相较于机件故障，恐怖攻击导致飞机失事的可能性更大。

5月20日，埃及空军和海军在距离亚历山大港290公里的海面发现残骸，乘客遗体以及行李等私人物品。

5月20日，欧洲航天局声称其在航班最后发出信号位置的东南方约40公里处（33°32′N29°13′E）探测到一条2公里长的浮油。该浮油于5月19日被该局的哨兵-1A型卫星探测到。

同日，法国海军派出载有声纳设备的巡逻艇出海寻找MS804航班的黑匣子。该舰于5月23日抵达可能的坠机地点。5月22日，埃及石油部派出一艘潜艇对黑匣子进行定位和回收。埃及总统称这艘潜艇可于水下3000米深的地方开展工作。

事故发生后不久，法国政府就开始对巴黎戴高乐国际机场的安保是否存在过失展开调查。

5月24日，埃方调查组的一名法医称，受害者遗体显示机上曾发生爆炸。不过他的上级随后又否认了他的说法。

5月26日，埃及政府请求部分擅长开展深水搜寻作业的法国和义大利公司协助搜寻失事客机的黑匣子。同日，据CNN报导，卫星探测到了发自机上紧急定位信号传送器（Emergency Locator Transmitter，下称ELT）的信号，这个发现使调查人员将飞机主要残骸可能分布範围缩小为海床上一个直径5千米的圆形区域，也为黑匣子的搜寻工作提供了更具体的地点。ELT可以在飞机坠海（或触地）后启动并传送一个紧急信号，目前根据报导来看，这个信号尚未被发现。一名前A320飞行员质疑说，ELF不大可能从坠机中倖存并传送紧急信号。埃方19日报导中提到的那个在2小时后接收到的紧急信号，指的可能就是ELF发出的信号，不过，这条讯息已经被埃及航空否认了。

涉事航班是一架空中客车A320-232R客机，注册编号为SU-GCC，于2003年07月25日首飞，后于同年11月3日交由埃及航空运营。 截止至事故发生前，该客机机龄12年，飞行时数为6275小时。失事当天之前该飞机已执行五次飞行任务、三个受到恐怖攻击威胁的城市，第一次是从厄利垂亚阿斯马拉国际机场，飞往开罗，第二次是从开罗飞往突尼西亚迦太基国际机场，然后执行返程航班。第四次是由开罗飞往巴黎。

早期埃及民航部称，飞机有可能遭受恐怖攻击。

埃及前交通部门官员称，飞机不是在战区消失，可能是由机械故障引起的失联。

CNN分析师则表示，已排除天气因素导致飞机失联。

有埃航讯息人士称，该航班已坠海。

法国航空专家维勒米尔分析称，高空巡航期间突然急速下坠，这“非常奇怪”。而且，飞行员在飞机坠落前没有来得及发出任何求救信号，这显示，客机有可能遭遇了空中解体——发动机爆炸是一种可能性，也不排除客机上装有炸弹或遭到来自地面的飞弹袭击的可能性。

希腊军方雷达显示，MS804航班在进入埃及空管区域时很快偏离航道，在高度37000英尺处，飞机先是向左转90度，紧接着又右转360度。在此期间，飞机高度从37000英尺迅速下降至15000英尺。当飞机高度降至10000英尺后，飞机就从雷达上消失了。

5月20日，飞机的ACARS数据被公布：

5月20日，飞机的ACARS数据被公布，在飞机失联四分钟前发出了7条警报。这7条信息均发出于2:26至2:29之间，飞机于4分钟后的2:33失联。两名分别接受过每日电讯报和澳大利亚人报採访的飞行员说根据数据来看该起事故可能是炸弹造成的。航空国际杂誌（Flight International）引述航空专家大卫·利尔指，飞机的航电系统内可能曾经起火，而飞行员可能因忙于处理其它情况没有向空管求救。

法国调查分析局指出，在飞机的厕所和电动设备检测到了烟雾，机舱响起了烟雾警报，而驾驶舱右边其中一只窗曾经被人打开。该警报也可能是被机舱剧烈失压产生的水雾触发的。