二手摩托协议过户一般不会影响年审，但是需注意在过户前要求原车主需先处理完所有的交通违章和交通事故，道路交通安全违法行为和交通事故未处理完毕无法申请年检。
法律依据：
《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第十六条
机动车应当从注册登记之日起，按照下列期限进行安全技术检验：
（一）营运载客汽车5年以内每年检验1次；超过5年的，每6个月检验1次；
（二）载货汽车和大型、中型非营运载客汽车10年以内每年检验1次；超过10年的，每6个月检验1次；
（三）小型、微型非营运载客汽车6年以内每2年检验1次；超过6年的，每年检验1次；超过15年的，每6个月检验1次；
（四）摩托车4年以内每2年检验1次；超过4年的，每年检验1次；
（五）拖拉机和其他机动车每年检验1次。
营运机动车在规定检验期限内经安全技术检验合格的，不再重复进行安全技术检验。