依据《建设工程质量保证金管理暂行办法》规定，工程合同质量的保证金起算时间是有双方当事人自行约定的，但是该法规定，保证金的期限不能超过两年。

　　第二条：本办法所称建设工程质量保证金是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。

　　缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，由发、承包双方在合同中约定。